肩胛骨酸痛可能由多种原因引起。一般来说，长期不良姿势是常见原因之一，比如长时间伏案工作、低头看手机等，这类情况较为普遍，很多人都可能因为姿势不当导致肩胛骨周围肌肉紧张，进而出现酸痛，可能持续数天甚至更久。
肌肉劳损导致
姿势不良引发：长时间保持低头、含胸的姿势，像上班族长时间对着电脑工作，或者学生长时间伏案学习，会使肩胛骨周围的肌肉持续处于紧张状态，时间一长就容易引发酸痛。一般每天保持不良姿势超过4小时，就可能增加肩胛骨酸痛的风险。运动过度造成：如果进行了过量的肩部运动，例如过度的俯卧撑、引体向上等，会导致肩胛骨周围的肌肉拉伤或者疲劳，从而引起酸痛。通常运动后24 - 48小时内可能会感觉到明显酸痛。
颈椎病相关
颈椎病变影响：当颈椎发生病变，如颈椎间盘突出、颈椎骨质增生等，突出的椎间盘或者增生的骨质可能会压迫周围的神经，进而牵涉到肩胛骨部位出现酸痛。有研究显示，约30%的颈椎病患者会伴随肩胛骨酸痛的症状。颈椎生理曲度变直：长期不良姿势还可能导致颈椎生理曲度变直，这会改变颈椎的正常力学结构，使得肩胛骨周围的肌肉受力不均衡，引发酸痛。
肩部疾病所致
肩周炎前期：肩周炎在发病前期可能会表现为肩胛骨周围的酸痛，随后逐渐出现肩关节活动受限等症状。一般50岁左右的人群更容易出现肩周炎前期的肩胛骨酸痛情况。肩袖损伤：肩袖是肩关节周围的肌腱组织，若发生损伤，也会导致肩胛骨部位酸痛，并且在肩关节活动时疼痛会加重，比如抬手、外展肩关节等动作。
胸廓出口综合征
神经血管受压：胸廓出口综合征是由于胸廓出口处的神经、血管受到压迫，从而引起肩胛骨周围以及上肢的酸痛、麻木等症状。例如，颈肋或者第一肋骨畸形可能会压迫神经血管，导致这种情况发生。