胃肠道功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物来缓解症状，比如常用的有马来酸曲美布汀片，它能调节胃肠运动节律，一般来说可以帮助改善胃肠道功能紊乱引起的不适，但具体效果因个体差异而异。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮：属于外周多巴胺受体拮抗剂，能促进胃肠道蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，适用于消化不良、胃肠功能紊乱导致的恶心、呕吐等情况，但一般建议饭前15 - 30分钟服用。莫沙必利：选择性地激动胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、胃肠功能紊乱引起的消化道症状，它的起效时间相对较快，一般服用后0.5 - 1小时左右开始发挥作用。
改善消化功能类药物
消化酶制剂：如复方消化酶胶囊，含有胃蛋白酶、胰蛋白酶、淀粉酶等多种消化酶，能促进食物的消化，帮助改善因胃肠功能紊乱导致的消化不佳，适用于伴有消化不良的胃肠功能紊乱患者，一般随餐服用。乳酸菌素片：可以在肠道形成保护层，阻止病原菌、病毒的侵袭，还能刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力，促进有益菌的生长，调节肠道菌群，改善胃肠功能紊乱引起的腹泻、消化不良等症状，儿童也可以服用，安全性相对较高。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌，抑制有害菌的生长繁殖，调整肠道菌群失调，改善胃肠功能紊乱引起的腹泻、便秘等肠道功能紊乱症状，一般需要用温水送服，且不宜与抗菌药物同时服用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌则有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善胃肠功能，适用于因肠道菌群失调引起的胃肠功能紊乱，服用时也需注意避免与抗菌药物同服。