胃肠功能紊乱可使用调节胃肠动力、调节肠道菌群等药物改善，一般根据具体症状选择合适药物。比如出现胃肠动力不足，可选用多潘立酮等；肠道菌群失调时，可选用双歧杆菌四联活菌片等。
调节胃肠动力药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，一般可缓解腹胀、早饱等症状。但需注意，儿童使用需谨慎，应在医生指导下根据年龄等情况合理应用。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，对改善消化不良等引起的胃肠功能紊乱有一定作用。它作用于胃肠道的5-羟色胺受体，增强胃肠运动。
调节肠道菌群药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调导致的胃肠功能紊乱。一般来说，儿童也可使用，但用法用量需遵医嘱。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 可调整肠道菌群，对肠道菌群紊乱引起的腹泻、腹胀等胃肠功能紊乱症状有改善作用。成人和儿童均可使用，儿童服用时需根据年龄调整剂量。
缓解胃肠痉挛药物
颠茄片： 能解除胃肠痉挛，缓解胃肠功能紊乱引起的腹痛等症状。但青光眼患者禁用，孕妇及哺乳期妇女慎用，儿童使用需在医生指导下进行。山莨菪碱： 也可用于缓解胃肠痉挛导致的疼痛，不过脑出血急性期及青光眼患者禁用，儿童应用时要密切观察。