脊柱脊柱炎的病因较为复杂，目前认为主要与遗传因素、感染因素以及免疫因素等有关。其中遗传因素占比较重要的地位，有研究显示，约90%的脊柱脊柱炎患者与人类白细胞抗原B27（HLA - B27）基因相关。
遗传因素方面：
HLA - B27基因关联：HLA - B27基因是一个关键的遗传因素，大量的临床研究发现，脊柱脊柱炎患者中HLA - B27阳性率可高达90%左右。如果家族中有脊柱脊柱炎患者，那么其他家族成员携带HLA - B27基因的概率会明显增加，进而患脊柱脊柱炎的风险也会升高。
感染因素方面：
肠道细菌感染影响：某些肠道细菌可能与脊柱脊柱炎的发病有关。比如肺炎克雷伯菌等肠道细菌，它们的某些成分可能与人体自身组织有相似之处，当人体感染这类细菌后，免疫系统在攻击细菌时可能会误伤到自身的脊柱关节等组织，从而引发脊柱脊柱炎。
免疫因素方面：
免疫系统紊乱：人体的免疫系统在正常情况下能够维持自身的稳定和防御功能，但在脊柱脊柱炎患者中，免疫系统出现了紊乱。免疫系统会错误地攻击脊柱关节及其周围的组织，导致炎症反应的发生，进而引起脊柱关节的疼痛、僵硬、活动受限等一系列脊柱脊柱炎的症状。例如，免疫系统中的一些细胞因子会异常增多，促使炎症在脊柱关节部位持续发展。