再生障碍性贫血的治疗方法需根据病情等因素综合确定，一般可采用免疫抑制治疗等。例如免疫抑制治疗中，抗淋巴细胞球蛋白（ALG）或抗胸腺细胞球蛋白（ATG）是常用的药物，一般疗程需要数周甚至数月。
免疫抑制治疗
抗淋巴细胞球蛋白（ALG）： 多用于重型再生障碍性贫血（SAA）的治疗，通过抑制T淋巴细胞介导的免疫反应来发挥作用。一般需要连续应用数天。抗胸腺细胞球蛋白（ATG）： 同样用于SAA，能特异性地结合并去除T淋巴细胞，从而调节免疫功能。使用时也有一定的疗程要求。
促造血治疗
雄激素： 如司坦唑醇等，可刺激肾脏产生促红细胞生成素，并直接作用于骨髓造血干细胞，促进红细胞生成。一般需要长期服用，可能数周后才逐渐见效。造血生长因子： 粒细胞集落刺激因子（G-CSF）可促进粒细胞的增殖、分化与成熟，粒细胞巨噬细胞集落刺激因子（GM-CSF）则能同时促进粒细胞和巨噬细胞的生成，常用于提升患者的粒细胞等水平。
造血干细胞移植
适用于年轻患者： 对于年龄较轻、有合适供者的重型再生障碍性贫血患者，造血干细胞移植是一种可能的根治性治疗方法。一般适用于年龄在40岁以下的患者，且要找到人类白细胞抗原（HLA）配型相合的供者。移植风险： 造血干细胞移植存在一定风险，如移植相关的感染、排斥反应等，但对于合适的患者来说，是有望治愈再生障碍性贫血的重要手段。