儿童抽动症的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、神经生化因素以及心理社会因素等有关。据研究，约50% - 60%的抽动症儿童有家族遗传史，若家族中有成员患抽动症，儿童患病风险相对较高。
遗传因素方面：
家族遗传倾向： 抽动症具有一定的遗传易感性，如果一级亲属（父母、兄弟姐妹等）中有患抽动症的人，儿童发生抽动症的概率比普通儿童要高。比如父母一方患有抽动症，其子女患病的可能性约为10% - 20%左右。基因相关： 目前发现多个基因与抽动症的发病相关，这些基因可能影响神经递质的代谢、神经信号的传导等，从而增加儿童患抽动症的风险。
神经生化因素方面：
神经递质失衡： 多巴胺、去甲肾上腺素、5 - 羟色胺等神经递质在大脑中的平衡失调可能与抽动症有关。例如多巴胺功能亢进可能会导致抽动症状的出现，当大脑内多巴胺受体超敏或者多巴胺代谢异常时，就可能引发肌肉不自主的抽动。谷氨酸系统异常： 谷氨酸是大脑中重要的兴奋性神经递质，有研究表明谷氨酸系统的功能异常也可能参与了抽动症的发病过程，它可能影响神经细胞之间的信号传递，导致神经调控紊乱。
心理社会因素方面：
精神刺激： 长期的精神压力过大、受到强烈的精神刺激，比如突然的惊吓、父母关系紧张、家庭环境不和谐、学习压力过大等，都可能诱发或加重儿童抽动症。例如有的儿童在经历父母离异等重大生活事件后，出现抽动症状加重的情况。生活环境变化： 生活环境的突然改变，如搬家、转学等，也可能对儿童的心理产生影响，从而引发抽动症。比如从熟悉的环境转到陌生的新环境，儿童可能因为不适应而出现情绪紧张，进而导致抽动症状的出现。