巨细胞病毒感染的症状因感染对象不同而有所差异。对于健康成年人，多数人感染后无症状，少部分人可能出现类似单核细胞增多症的表现，如发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大等，一般持续1 - 3周可自行缓解。
婴儿感染巨细胞病毒的症状
先天性感染症状： 部分婴儿出生时就有症状，可能出现生长受限、黄疸（皮肤和巩膜发黄）、肝脾肿大等表现。严重的还可能有血小板减少性紫癜（皮肤出现瘀点、瘀斑）、肺炎等情况。出生后感染症状： 多数婴儿出生后感染为无症状型，但也有少数会出现肝炎表现，如肝功能异常、肝肿大等，一般症状相对较轻，多数可自行恢复。
免疫功能低下人群感染巨细胞病毒的症状
器官移植受者： 感染后可引起肺炎，出现咳嗽、呼吸困难等症状；还可能累及胃肠道，导致腹痛、腹泻、呕血等表现。艾滋病患者： 感染巨细胞病毒后，可引起多系统病变。如累及视网膜可导致视力下降甚至失明；累及胃肠道会出现严重的腹泻，每天腹泻次数可达数次至数十次，严重影响营养吸收。
成人免疫正常但初次感染的症状
全身症状： 除了可能出现发热外，还可能有肌肉酸痛、头痛等表现。局部症状： 部分人会出现咽炎，表现为咽部疼痛、充血等；也可能有淋巴结肿大，尤其是颈部、腋窝等部位的淋巴结可摸到肿大。