巩膜炎的发病原因较为复杂，可能与多种因素相关。一般来说，自身免疫性疾病是引发巩膜炎的常见原因之一，比如类风湿关节炎患者中，约有10%左右会并发巩膜炎。
自身免疫性疾病相关
类风湿关节炎关联：类风湿关节炎是一种自身免疫紊乱的疾病，免疫系统错误地攻击关节等组织，同时也可能累及眼部，导致巩膜炎发生。患者除了关节肿痛等表现外，眼部可能出现眼红、眼痛等巩膜炎症状。系统性红斑狼疮关联：系统性红斑狼疮也是自身免疫性疾病，体内产生的自身抗体可影响眼部，使患者有较高的患巩膜炎风险，患者往往还伴有面部红斑、口腔溃疡等多系统受累表现。
感染因素导致
细菌感染引发：某些细菌感染可能诱发巩膜炎，比如葡萄球菌感染，当眼部受到葡萄球菌侵袭时，可能引发炎症反应，导致巩膜出现炎症病变，患者会有眼部不适等症状。病毒感染影响：单纯疱疹病毒等病毒感染也可能与巩膜炎的发生有关，病毒感染机体后，可引起免疫反应波及巩膜，从而导致巩膜炎出现，患者眼部会有相应的炎症表现。
局部邻近组织炎症蔓延
结膜炎蔓延：如果眼部的结膜炎没有得到及时有效的治疗，炎症可能会蔓延至巩膜，引发巩膜炎。因为结膜与巩膜相邻，炎症容易扩散，患者在有结膜炎症状如眼部分泌物增多等的基础上，可能逐渐出现巩膜炎的表现。角膜炎波及：角膜炎如果病情较重且未控制，炎症也有可能向周围组织蔓延，包括巩膜，从而导致巩膜炎发生，患者会出现眼部疼痛、视力变化等情况。