胃肠神经官能症的治疗需综合多方面因素，一般可通过心理调节、药物辅助等方式来改善，其中心理治疗往往是基础且重要的一环，约有60% - 70%的患者通过心理调整配合其他治疗能取得较好效果。
心理治疗很关键
心理疏导： 患者可寻求专业心理医生的帮助，通过倾诉等方式释放压力、消除焦虑等不良情绪。比如每周进行1 - 2次的心理疏导，持续数周甚至数月，能帮助患者调整心态。认知行为疗法： 这种疗法有助于患者改变不合理的认知和行为模式。例如让患者学习识别自身不良的思维和行为习惯，并逐步进行纠正，从而改善胃肠神经官能症的症状。
药物辅助来缓解
调节胃肠动力药物： 常用的有多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，一般可在饭前15 - 30分钟服用，帮助改善腹胀、早饱等症状。还有莫沙必利，也可促进胃肠动力，适用于伴有消化不良等症状的患者。调节胃酸药物： 若患者有反酸、烧心等症状，可使用奥美拉唑等质子泵抑制剂，它能抑制胃酸分泌，缓解相关不适。另外，铝碳酸镁等胃黏膜保护剂也可辅助治疗，能中和胃酸，保护胃黏膜。
生活方式要调整
饮食规律： 患者应定时定量进餐，每天尽量保持3餐规律，每餐食量适中，避免过饱或过饥。同时，要避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品、咖啡等，这些食物可能会加重胃肠不适。适度运动： 适当进行运动有助于改善胃肠功能，比如每天进行30分钟左右的散步、慢跑等有氧运动，每周坚持3 - 5次。运动能促进胃肠蠕动，增强体质，但要注意运动强度适中，避免过度劳累。