舌头根部长了凸起肉粒疼，可能是以下原因引起：
1.轮廓乳头炎：轮廓乳头位于舌根部，呈人字排列，炎症时可出现舌根部凸起肉粒样改变，伴有疼痛。治疗上可使用头孢克洛、阿莫西林等药物。
2.舌根淋巴组织增生：舌根的淋巴组织丰富，当受到炎症或其他刺激时，可出现增生，表现为凸起肉粒样改变。治疗上可使用蒲地兰消炎口服液、清开灵胶囊等药物。
3.肿瘤：舌根部长肿物也会出现凸起肉粒样改变，伴有疼痛，需要手术切除并做病理检查明确诊断。
此外，长期辛辣刺激性饮食、维生素及微量元素缺乏、内分泌紊乱、免疫力下降等也会导致舌头根部长凸起肉粒疼。建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，保持口腔清洁，避免食用辛辣刺激性食物，多吃新鲜的蔬菜水果，补充维生素及微量元素，有助于疾病的恢复。