慢性肾盂肾炎起病隐匿且易复发，根治较难。初发者一般治疗2至4周，反复发作的则需延长疗程。其临床治疗方法包括：
一、一般治疗
1.患者应多喝水、多排尿，可冲洗膀胱内细菌。
2.若有发热等感染症状，要注意休息，给予易消化、高热量、富含纤维素的饮食。
二、药物治疗
1.慢性肾盂肾炎急性发作可选用喹诺酮类、β内酰胺类、磷霉素氨丁三醇等药物治疗，疗程因感染程度而异。
2.反复发作者需通过尿细菌培养确定菌型，明确发作是复发还是重新感染，再依实际情况相应治疗。
三、手术治疗
手术治疗包括肿物切除术、尿路结石摘除术、尿道畸形手术等，需根据实际病情进行相应手术，以防止感染再次发生。
患者确诊后要及时在医生指导下治疗，遵从医嘱稳定病情，防止恶化。平时要养成良好生活习惯，作息规律，清淡饮食，提高身体素质。