肾结石形成的原因有多种。一般来说，人体尿液中一些物质浓度过高，析出结晶就可能形成肾结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加等情况都可能引发肾结石。据统计，肾结石的形成与多种代谢异常以及生活习惯等因素相关。
代谢异常相关因素
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结晶，进而发展为肾结石。例如，尿钙排泄增多，就会使尿液中钙的浓度升高，增加肾结石形成的风险；草酸摄入过多，比如经常大量吃菠菜、苋菜等富含草酸的食物，会导致尿液中草酸含量增加，也容易促使肾结石形成。枸橼酸分泌减少：枸橼酸能抑制尿液中钙、草酸等结晶的形成，如果枸橼酸分泌减少，就不利于抑制结晶的形成，从而增加肾结石发生几率。
生活习惯因素
饮水不足：如果每天饮水量少于1500毫升，尿液会浓缩，导致尿液中各种形成结石的物质浓度升高，容易析出结晶形成肾结石。一般建议每天饮水量保持在2000 - 3000毫升以上，以保证尿液充分稀释。饮食不均衡：除了草酸摄入过多外，高嘌呤饮食也容易引发肾结石。像经常吃动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸生成增多，尿酸排出增加，当尿酸浓度过高时，就可能形成尿酸结石。另外，高蛋白饮食也可能增加肾结石形成风险，因为高蛋白饮食会使尿液中钙和尿酸的排泄增加。
疾病相关因素
某些疾病影响：一些疾病会增加肾结石的发病风险，比如甲状旁腺功能亢进症，患者体内甲状旁腺激素分泌过多，会导致血钙升高，尿钙排出增多，从而容易形成肾结石；还有尿路感染也可能引发肾结石，细菌感染等因素会改变尿液的成分和酸碱度，促进结石形成。