肾结石的形成是多种因素共同作用的结果。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了尿液的溶解限度，就容易析出形成结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度异常升高，就可能引发肾结石。
代谢异常因素
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，使得尿液中钙的浓度升高，超过了尿液的饱和浓度，钙就可能结晶析出形成结石。正常情况下，成人24小时尿钙排泄量一般在200 - 250mg，如果超过这个范围就可能增加肾结石风险。尿酸代谢异常： 尿酸是嘌呤代谢的产物，当体内尿酸生成过多或者肾脏排泄尿酸减少时，血尿酸水平升高，尿中尿酸浓度也会升高，尿酸就容易在肾脏形成结石。比如一些患有痛风的患者，由于尿酸代谢紊乱，更容易并发尿酸结石。
局部因素
尿路感染影响： 泌尿系统感染会改变尿液的成分和酸碱度，还会使细菌、坏死组织等成为结石的核心。例如，变形杆菌等细菌能分解尿素产生氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。而且感染时产生的一些物质还会干扰尿液中晶体的抑制因子，导致结石形成。尿路梗阻问题： 尿路梗阻会使尿液排出受阻，导致尿液在局部积聚，尿液中的晶体物质容易沉积下来形成结石。比如肾盂输尿管连接处狭窄、输尿管结石等引起的梗阻，都会增加肾结石的发生几率。尿液在梗阻部位以上的区域停留时间延长，其中的溶质就更容易析出形成结石。
生活方式因素
饮水不足： 长期饮水过少会导致尿液浓缩，尿液中各种溶质的浓度升高，容易形成结石。正常人每天应该保证饮水量在2000 - 3000毫升以上，如果饮水量不足，尿液浓缩，就为结石形成创造了条件。比如一些从事高温作业或者运动量较大的人，如果没有及时补充水分，就容易患肾结石。饮食不当： 高草酸饮食是引发肾结石的重要因素之一，像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高，长期大量食用会使尿中草酸排泄增加。高嘌呤饮食也会增加尿酸结石的风险，动物内脏、海鲜、肉类等富含嘌呤，过多摄入会使尿酸生成增多。另外，高盐饮食会增加尿钙排泄，从而促进肾结石形成。