自身免疫性甲状腺炎的治疗需根据不同情况来定。一般来说，若甲状腺功能正常，通常不需要特殊治疗，但要定期监测甲状腺功能，大约每6 - 12个月复查一次。
甲状腺功能减退时的治疗
左甲状腺素钠替代治疗：当自身免疫性甲状腺炎导致甲状腺功能减退时，常用左甲状腺素钠来补充甲状腺激素。这种药物可以模拟人体正常分泌的甲状腺激素，维持机体正常的代谢功能。一般需要终身服用，并且需要根据甲状腺功能的检查结果来调整药物剂量。注意事项：服用左甲状腺素钠时，要注意与其他药物间隔服用，比如与含铁、钙的药物最好间隔4小时以上，以免影响药物吸收。同时，孕妇如果合并自身免疫性甲状腺炎且甲状腺功能减退，需要调整左甲状腺素钠剂量来保证胎儿正常发育。
甲状腺肿大明显时的治疗
糖皮质激素短期应用：如果自身免疫性甲状腺炎患者甲状腺肿大明显，伴有疼痛等症状，可短期使用糖皮质激素，如泼尼松。它能迅速减轻甲状腺的炎症和肿大，但不能长期大量使用，一般使用时间不超过2 - 4周，因为长期使用可能会有骨质疏松、感染等副作用。观察与随访：如果甲状腺肿大不影响呼吸、吞咽等功能，在使用糖皮质激素治疗后，仍需要定期复查甲状腺超声，观察甲状腺肿大的变化情况。
合并甲状腺结节时的治疗
定期超声监测：当自身免疫性甲状腺炎合并甲状腺结节时，要每6 - 12个月进行甲状腺超声检查，观察结节的大小、形态、边界等变化。如果结节在短期内迅速增大，或者超声提示结节有恶性征象，如结节边界不清、微小钙化等，需要进一步做细针穿刺细胞学检查来明确结节性质。根据结节性质处理：如果细针穿刺细胞学检查提示为良性结节，继续定期监测；如果考虑为恶性结节，则需要根据具体情况采取手术等相应治疗措施。