自身免疫性甲状腺炎的治疗需根据不同情况来定。一般来说，对于没有症状的自身免疫性甲状腺炎患者，可能暂时不需要特殊治疗，但要定期复查甲状腺功能，大约每6 - 12个月复查一次。
观察随访为主的情况
甲状腺功能正常时： 如果自身免疫性甲状腺炎患者甲状腺功能各项指标都在正常范围内，通常以观察随访为主。这时候需要定期监测甲状腺功能，包括促甲状腺激素（TSH）、甲状腺素（T4）、三碘甲状腺原氨酸（T3）等指标。一般建议每6 - 12个月进行一次甲状腺功能检查以及甲状腺超声检查，以便及时发现甲状腺功能的变化。甲状腺肿大但无症状时： 当患者出现甲状腺肿大，但没有明显的不适症状时，也主要采取观察随访的策略。要关注甲状腺肿大的变化情况，比如通过甲状腺超声观察甲状腺体积的变化等。
甲状腺功能减退时的治疗
药物补充甲状腺激素： 当自身免疫性甲状腺炎患者出现甲状腺功能减退，也就是甲状腺不能产生足够的甲状腺激素时，需要补充甲状腺激素。常用的药物是左甲状腺素钠片。通过补充外源性的甲状腺激素来维持体内甲状腺激素的正常水平，以满足身体的需要。一般需要根据患者的甲状腺功能指标来调整药物剂量，开始时可能从小剂量开始，然后逐渐调整到合适的剂量。定期监测调整剂量： 在开始使用左甲状腺素钠片治疗后，需要定期复查甲状腺功能，根据TSH等指标来调整药物的剂量。通常在开始治疗后的2 - 4周需要复查甲状腺功能，之后根据情况可能每3 - 6个月复查一次，确保甲状腺功能维持在正常范围内。
甲状腺功能亢进时的治疗
对症治疗为主： 自身免疫性甲状腺炎偶尔也会出现甲状腺功能亢进的情况，但相对较少见。如果出现甲状腺功能亢进，一般以对症治疗为主。比如患者有心动过速等症状时，可以使用β受体阻滞剂，如普萘洛尔来缓解症状。不过使用β受体阻滞剂时要注意其可能的副作用，如心动过缓等。谨慎使用抗甲状腺药物： 如果甲状腺功能亢进情况较轻，一般不首选抗甲状腺药物治疗。因为自身免疫性甲状腺炎导致的甲亢可能有其特殊性，使用抗甲状腺药物需要谨慎，并且要密切监测甲状腺功能的变化，防止过度抑制甲状腺功能导致甲状腺功能减退的发生。