慢性咽炎通常是由多种因素引起的。一般来说，大约有60%以上的慢性咽炎患者与不良生活习惯等因素相关。
局部因素导致
鼻腔、鼻窦慢性炎症： 鼻腔和鼻窦的炎症会产生脓性分泌物，这些分泌物倒流至咽部，长期刺激咽部黏膜，就容易引发慢性咽炎。比如患有慢性鼻窦炎的患者，脓涕不断流入咽部，就增加了患慢性咽炎的风险。咽部本身病变： 咽部的慢性扁桃体炎、腺样体肥大等疾病，会使咽部长期受到炎症刺激，进而诱发慢性咽炎。例如，扁桃体反复发炎，炎症蔓延到咽部，就可能导致咽部黏膜持续处于炎症状态。
全身因素影响
贫血： 当人体处于贫血状态时，全身的氧供应不足，咽部黏膜也会因为缺氧而抵抗力下降，容易受到细菌、病毒等病原体的侵袭，从而引发慢性咽炎。一般来说，中重度贫血患者患慢性咽炎的几率相对更高。消化不良： 长期消化不良会使胃内的胃酸、胃蛋白酶等反流至咽部，腐蚀咽部黏膜，导致咽部黏膜慢性炎症。尤其是那些经常暴饮暴食、饮食不规律的人，更容易出现消化不良并引发慢性咽炎。
环境因素作用
空气污染： 长期处于空气污染严重的环境中，如工厂废气、汽车尾气等，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激咽部黏膜，导致慢性咽炎。在一些重工业城市，慢性咽炎的发病率相对较高。气候干燥或寒冷： 干燥的空气会使咽部黏膜水分流失，防御功能下降；寒冷的空气会刺激咽部血管收缩，局部抵抗力降低，从而容易引发慢性咽炎。例如在秋冬季节，气候干燥寒冷，慢性咽炎的发病数量往往会增多。