慢性咽炎通常是由多种因素综合引起的。一般来说，急性咽炎反复发作、迁延不愈是导致慢性咽炎的常见原因之一，大约有50%的慢性咽炎患者是由急性咽炎反复刺激发展而来。
局部因素导致
鼻腔、鼻窦慢性炎症： 鼻腔和鼻窦的炎症会产生脓性分泌物，这些分泌物会倒流至咽部，长期刺激咽部黏膜，从而引发慢性咽炎。例如，慢性鼻窦炎患者，鼻腔内的炎性分泌物不断流向咽部，就容易导致咽部反复受到刺激，引发炎症。咽部邻近器官疾病： 像扁桃体炎、牙龈炎等咽部邻近器官的炎症也可波及咽部，引起慢性咽炎。比如慢性扁桃体炎，其炎症可蔓延至咽部，使咽部黏膜长期处于炎症状态。
全身因素影响
自身免疫性疾病： 一些自身免疫性疾病可能会累及咽部，引发慢性咽炎。例如类风湿关节炎，患者的免疫系统攻击自身组织，也可能影响到咽部的黏膜组织，导致炎症发生。贫血： 贫血患者身体的氧供应不足，咽部黏膜容易处于缺氧状态，抵抗力下降，容易受到病原体侵袭，进而引发慢性咽炎。一般来说，中度以上贫血患者发生慢性咽炎的概率相对较高。糖尿病： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体抵抗力降低，咽部容易受到细菌、病毒等病原体的感染，从而诱发慢性咽炎。
环境及生活习惯因素
空气污染： 长期处于空气污染严重的环境中，如工业废气、汽车尾气、室内装修污染等，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激咽部黏膜，导致慢性咽炎。例如在雾霾天气较多的地区，居民患慢性咽炎的比例相对较高。不良生活习惯： 长期吸烟的人，烟草中的尼古丁、焦油等有害物质会直接刺激咽部黏膜，使咽部黏膜充血、水肿，容易引发慢性咽炎。据统计，每天吸烟超过20支的人，患慢性咽炎的风险比不吸烟者高3 - 5倍。另外，过度饮酒也会对咽部黏膜造成刺激，导致咽部黏膜抵抗力下降，增加慢性咽炎的发病几率。