引起慢性咽炎的原因较多，比如局部因素中，急性咽炎反复发作，可转为慢性，大约有50%的慢性咽炎患者有急性咽炎病史。另外，上呼吸道慢性炎症刺激，像慢性鼻窦炎、鼻咽部炎症等，其炎性分泌物经后鼻孔流至咽后壁，长期刺激也会引发慢性咽炎，这类情况较为常见，占比能达到相当比例。
局部因素：
咽喉部疾病影响： 长期患有慢性扁桃体炎、牙龈炎等咽喉部疾病，炎症会不断刺激咽部黏膜，从而引发慢性咽炎。例如慢性扁桃体炎患者，扁桃体反复发炎，炎性物质容易波及咽部。鼻腔鼻窦问题： 患有慢性鼻窦炎时，鼻腔内的脓性分泌物会倒流至咽喉，持续刺激咽喉黏膜，时间一长就可能导致慢性咽炎。据统计，有近30%的慢性咽炎患者与鼻窦炎有关联。
全身因素：
呼吸道疾病牵连： 患有慢性支气管炎、支气管扩张等下呼吸道疾病，其病变产生的分泌物会通过咳嗽到达咽部，长期刺激咽部引发炎症。比如慢性支气管炎患者，咳嗽时痰液中的一些刺激性成分会对咽部造成伤害。消化系统毛病： 胃食管反流病是常见的全身因素之一，胃酸及胃内容物反流至咽喉，会损伤咽喉黏膜，进而引发慢性咽炎。有研究发现，约40%的慢性咽炎患者存在胃食管反流的情况。
环境及生活习惯因素：
空气污染侵害： 长期处于粉尘多、化学气体刺激的环境中，比如在化工厂工作的人，空气中的有害物质会直接刺激咽部黏膜，导致慢性咽炎。据调查，在污染严重的环境中工作超过1年的人群，慢性咽炎患病率明显高于普通人群。不良生活习惯作祟： 长期吸烟的人，烟草中的尼古丁、焦油等有害物质会对咽部黏膜造成严重损伤，容易引发慢性咽炎。还有经常过度用嗓的人，像教师、歌手等职业人群，咽部长期处于疲劳状态，也易患上慢性咽炎。