便秘后肛门有肉凸出来痛，可能是内痔脱出、外痔、肛裂、肛乳头肥大等肛肠疾病引起，也可能是直肠息肉、肛管或直肠肿瘤等其他疾病导致。具体原因和治疗方法如下：
1.内痔脱出：内痔是肛垫的支持结构、血管丛及动静脉吻合支发生病理性改变或移位。如果内痔脱出后没有及时回纳，可能会导致局部血液循环障碍，引起疼痛。内痔脱出的治疗方法包括一般治疗、药物治疗和手术治疗。一般治疗包括调整饮食、养成良好的排便习惯等。药物治疗包括外用栓剂、口服药物等。手术治疗包括内痔结扎术、内痔切除术等。
2.外痔：外痔是齿状线以下的痔外静脉丛扩大曲张或痔外静脉破裂或反复发炎而成。外痔通常不会引起疼痛，但如果发生血栓形成或感染，可能会导致疼痛。外痔的治疗方法包括一般治疗、药物治疗和手术治疗。一般治疗包括调整饮食、保持肛门清洁等。药物治疗包括外用栓剂、口服药物等。手术治疗包括外痔切除术、血栓外痔剥离术等。
3.肛裂：肛裂是肛管皮肤全层裂伤后形成的感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。肛裂的治疗方法包括一般治疗、药物治疗和手术治疗。一般治疗包括调整饮食、保持大便通畅、坐浴等。药物治疗包括外用栓剂、口服药物等。手术治疗包括肛裂切除术、肛管内括约肌切断术等。
4.肛乳头肥大：肛乳头肥大是指肛乳头因慢性炎症刺激而肥大。肛乳头肥大通常不会引起疼痛，但如果肥大的肛乳头脱出肛门，可能会导致疼痛。肛乳头肥大的治疗方法包括一般治疗、药物治疗和手术治疗。一般治疗包括调整饮食、保持肛门清洁等。药物治疗包括外用栓剂、口服药物等。手术治疗包括肛乳头切除术等。
5.直肠息肉、肛管或直肠肿瘤：直肠息肉、肛管或直肠肿瘤等其他疾病也可能导致便秘后肛门有肉凸出来痛。这些疾病通常需要手术治疗。
总之，便秘后肛门有肉凸出来痛可能是肛肠疾病引起，也可能是其他疾病导致。建议及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。