孩子肛门疼痛可能由多种原因引起，比如常见的肛裂，多因孩子大便干结，排便时撑破肛管皮肤导致，这种情况在便秘的孩子中较为多见。一般孩子排便后会有明显疼痛，还可能带血。
肛周感染因素
肛周脓肿： 多是细菌感染引起，孩子肛门周围会出现红肿、疼痛，触摸有硬结，严重时可能伴有发热。比如婴幼儿免疫力相对较低，容易发生肛周脓肿导致肛门疼痛。肛窦炎： 肛窦受细菌感染引发炎症，会导致孩子肛门坠胀、疼痛，排便时疼痛可能加重，还可能有少量黏液从肛门流出。
寄生虫感染因素
蛲虫感染： 多见于夜间，蛲虫会爬出肛门产卵，刺激肛周皮肤，引起肛门瘙痒、疼痛，孩子可能会不自觉地搔抓肛门，导致局部皮肤破损，加重疼痛。一般通过检查肛周夜间能发现白色细小的蛲虫。
外伤因素
异物损伤： 孩子玩耍时可能将小物件塞入肛门，造成肛门黏膜或皮肤损伤，从而引起疼痛，孩子可能会诉说肛门有异物感且疼痛。粗暴擦拭： 孩子排便后用粗糙的纸巾过度用力擦拭肛门，也可能损伤肛门皮肤，导致疼痛。
其他因素
过敏反应： 孩子对某些食物、卫生用品等过敏，接触后肛门周围皮肤出现过敏反应，表现为瘙痒、疼痛，皮肤可能有红斑、丘疹等改变。先天性肛门畸形： 较少见，如先天性肛门狭窄等，会影响排便，导致排便困难，进而引起肛门疼痛，这种情况多在孩子出生后不久就会出现排便异常的表现。