慢性结肠炎常见的症状有腹泻，多数患者会出现反复发作的腹泻，粪便多为糊状，含有黏液、脓血，每天排便次数可能在3~5次左右，严重的可达十余次。还会有腹痛表现，多为轻度至中度的下腹隐痛，疼痛性质多样，有的呈胀痛、痉挛性痛等，一般在排便后疼痛会有所缓解。另外，患者可能出现黏液便，粪便中会带有较多的黏液，有时黏液和粪便混合均匀，有时黏液附着在粪便表面。
肠道外表现情况
部分慢性结肠炎患者会有肠道外表现，比如关节症状，可能出现关节疼痛、肿胀等，以大关节受累较为常见；皮肤表现也可能出现，像结节性红斑，表现为下肢伸侧的红色结节，有疼痛和压痛；眼部症状方面，可能出现虹膜炎、葡萄膜炎等，表现为眼睛红肿、疼痛、视力模糊等。
全身症状表现
慢性结肠炎患者还可能有全身症状，比如消瘦，由于肠道长期炎症，影响营养吸收，患者会逐渐出现体重下降、消瘦的情况；乏力也是常见症状，患者会感觉身体没有力气，容易疲倦；有的患者还可能出现发热，一般为低热，体温多在37.5~38℃左右，少数患者会出现高热。
病情反复特点
慢性结肠炎的病情容易反复，病程较长，有的患者可能会反复发作数年甚至更长时间。在病情发作期，上述症状会明显加重，而在缓解期，症状会有所减轻，但容易因为饮食不当、劳累、情绪波动等因素再次诱发病情发作。例如，患者如果吃了辛辣刺激性食物或者腹部着凉，就可能导致腹泻、腹痛等症状再次出现。