羊水穿刺最佳时间是妊娠16~22周。这个时间段进行羊水穿刺较为合适，此时羊水量相对较多，胎儿较小，穿刺时损伤胎儿的风险较低。
为何选这个时间段
羊水量充足：妊娠16~22周时，孕妇宫腔内的羊水含量适中，便于医生抽取羊水，一般能抽取到10~20毫升左右的羊水，足够进行相关的检查。胎儿活动度小：此时胎儿在宫腔内的活动空间相对较大，但活动幅度不大，这样能降低穿刺针伤到胎儿的可能性。
早于这个时间的情况
羊水少：如果在妊娠16周之前进行羊水穿刺，此时羊水较少，抽取羊水会比较困难，而且容易误穿到胎儿，增加胎儿损伤的风险。细胞培养不易成功：孕周过小，羊水中胎儿细胞数量相对较少，细胞培养成功的概率会降低，可能会影响后续的检查结果。
晚于这个时间的情况
诊断价值下降：当孕周超过22周后，胎儿染色体异常等情况的诊断价值会有所下降，因为此时即使通过羊水穿刺诊断出问题，可能留给孕妇处理的时间相对较短。分娩风险增加：孕周过大时进行羊水穿刺，可能会刺激子宫收缩，增加早产等分娩相关风险。
特殊人群注意事项
对于高龄孕妇（年龄≥35岁），建议在妊娠11~13+6周先进行无创产前基因检测初步筛查，如果无创结果异常再考虑羊水穿刺；而对于有特殊家族遗传病史等情况的孕妇，医生会根据具体情况综合判断羊水穿刺的最佳时间，但一般也不会超出16~22周这个大致范围。