近亲结婚生的孩子患遗传病的风险会明显增加。据统计，近亲结婚生出隐性遗传病患儿的概率比非近亲结婚高出数倍。
遗传病风险方面
隐性遗传病概率高： 近亲之间携带相同隐性致病基因的可能性较大。例如白化病，正常人群中携带白化病隐性致病基因的概率较低，但近亲结婚时，双方都携带该隐性基因的几率上升，孩子患白化病的概率就会大大增加。再比如先天性聋哑，近亲结婚所生子女患先天性聋哑的风险比非近亲结婚高150倍。多种遗传病风险上升： 像苯丙酮尿症、血友病等多种隐性遗传病，在近亲结婚的情况下，孩子患病的几率都会显著提高。这是因为近亲双方从共同祖先那里继承同一种致病基因的机会增多，导致隐性致病基因纯合的概率增大，从而引发遗传病。
身体发育与健康状况
发育迟缓风险大： 近亲结婚生下的孩子往往在身体发育上可能出现迟缓现象。由于遗传基因的缺陷，孩子的生长发育速度可能低于正常非近亲结婚所生的孩子。比如在身高增长、体重增加等方面可能落后于同龄人，骨骼发育也可能出现异常情况。健康问题增多： 这类孩子在整体健康状况上也相对较差，更容易患上各种疾病。因为遗传因素导致身体的免疫系统、各个器官的功能等方面存在缺陷，使得他们比正常孩子更易受到疾病的侵袭，像感冒、肺炎等常见疾病的发病频率可能更高，而且患病后恢复的时间也可能更长。
智力方面影响
智力低下概率高： 近亲结婚生的孩子智力低下的概率明显高于非近亲结婚的孩子。一些遗传因素会影响大脑的发育，导致孩子在智力水平上低于正常水平。例如某些染色体异常相关的遗传病，会直接影响孩子的智力发育，出现智力低下、认知障碍等问题。学习能力受限： 由于智力方面的缺陷，这些孩子在学习能力上往往受到很大限制。他们可能在接受知识、理解问题等方面比正常孩子困难得多，在学校的学习过程中会面临更多的挑战，难以达到正常孩子的学习进度和成绩水平。