近亲结婚生的孩子患隐性遗传病的风险会显著增加。据统计，近亲结婚生出隐性遗传病患儿的概率比非近亲结婚高出几倍甚至几十倍。
遗传病风险升高
常染色体隐性遗传病： 近亲双方可能携带相同的隐性致病基因，当他们的基因结合时，孩子就有更大几率继承两个致病基因从而发病。比如白化病，近亲结婚家庭中孩子患白化病的概率远高于非近亲家庭。白化病是由于体内缺乏酪氨酸酶，导致黑色素合成障碍，患者皮肤、毛发等呈现白色或浅粉色。X连锁隐性遗传病： 若近亲中有男性携带X染色体上的隐性致病基因，女儿可能成为携带者，儿子则有较高概率发病。像血友病，患者体内缺乏凝血因子，轻微创伤就可能导致出血不止，严重时会危及生命。
发育畸形风险增加
近亲结婚会使孩子在胚胎发育过程中出现畸形的概率上升。这是因为近亲双方的基因相似度高，一些影响胚胎正常发育的基因缺陷更容易组合在一起，干扰胚胎的正常组织和器官形成。例如，近亲结婚的孩子出现先天性心脏病的几率比非近亲结婚的孩子高很多。先天性心脏病有多种类型，如房间隔缺损、室间隔缺损等，会影响心脏的正常结构和功能，导致孩子心脏供血不足等一系列问题。
智力发育受影响
近亲结婚可能对孩子的智力发育产生不良影响。由于基因缺陷等因素，孩子在智力发展方面可能出现障碍。研究发现，近亲结婚家庭中孩子的平均智商可能低于非近亲结婚家庭的孩子。而且，孩子可能在学习能力、认知能力等方面表现出明显的不足，影响其未来的学习和生活。比如，在学校中，这类孩子可能在理解知识、完成学业任务等方面面临更多困难。