口腔溃疡的治疗药物有多种，其中局部用药较为常用。比如西瓜霜喷剂，一般使用后能在一定程度上缓解疼痛、促进溃疡愈合，通常用药后1 - 2天能看到症状改善迹象。
局部用药类
含漱剂： 氯己定含漱液是常见的含漱剂，它能杀灭口腔内的细菌，抑制菌斑形成，对于口腔溃疡有一定的辅助治疗作用，使用时按照说明书稀释后漱口，每天可使用2 - 3次。含片： 西地碘含片也可用于口腔溃疡，它可以在唾液作用下逐渐释放出碘，有杀菌抗感染的功效，含服时每次1片，一天3 - 5次。
促进愈合类
重组人表皮生长因子凝胶： 能促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡面的愈合。使用时清洁口腔后，取适量凝胶涂抹于溃疡表面，一般每天使用2 - 3次。维生素类药物： 维生素B2片可以口服，它参与体内生物氧化与能量代谢等过程，对维持黏膜正常代谢有帮助，一般成人每天口服3次，每次1 - 2片，但要注意不能长期过量服用。
止痛类
苯佐卡因凝胶： 属于局部麻醉剂，能快速缓解口腔溃疡带来的疼痛，用药时轻轻涂抹在溃疡处，不过不能频繁大量使用，以免产生不良反应。复方甘菊利多卡因凝胶： 也有止痛作用，同时还能减轻炎症反应，涂抹于溃疡表面，可在进食前使用以缓解进食时的疼痛，但儿童使用需谨慎。
其他情况应对
如果是由于缺乏维生素引起的口腔溃疡，除了补充维生素类药物外，还可以多吃富含维生素的食物，像橙子、猕猴桃等，每天保证摄入足够的量来辅助改善口腔溃疡情况。而对于因免疫力低下导致的口腔溃疡，在使用上述药物治疗的同时，要注意保持良好的生活作息，保证7 - 8小时的充足睡眠，适度进行体育锻炼，增强自身免疫力，有助于口腔溃疡更好地恢复。