淋菌性咽炎主要由淋病奈瑟菌感染引起，治疗上通常选用抗生素。一般来说，使用合适的抗生素治疗，多数患者可在较短时间内得到改善。
抗生素选择是关键
头孢曲松： 是常用的治疗药物之一，对淋病奈瑟菌有较好的抗菌作用。它通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用。大观霉素： 也是有效的药物，对于一些对头孢类药物不敏感或有耐药情况的患者可以选用。
治疗中的注意事项
性伴侣同时检查治疗： 淋菌性咽炎患者的性伴侣也需要同时进行检查和治疗，因为在性行为中很容易相互传染，若一方治疗而另一方未治，治愈后还可能再次感染。治疗期间避免性行为： 在治疗淋菌性咽炎期间，一定要避免性行为，防止疾病传播给他人，同时也利于自身病情的恢复。
特殊人群需谨慎
孕妇患者： 孕妇感染淋菌性咽炎时用药需特别谨慎，要选择对胎儿影响小的药物，必须在医生的严格指导下进行治疗，医生会权衡利弊选择合适的抗生素。儿童患者： 儿童患淋菌性咽炎时，用药要严格遵循医生的建议，因为儿童的肝肾功能等还未发育完全，需要选择适合儿童体重和身体状况的药物剂量等，不能自行随意用药。
治疗后的随访
定期复查： 在完成治疗后，需要按照医生的安排定期进行复查，一般会通过检测来确认淋病奈瑟菌是否被完全清除，确保疾病彻底治愈，防止复发。