肛门起泡且疼痛，可能是以下疾病所致：
一、疱疹：这是由人疱疹病毒感染引发的、以皮肤与黏膜改变为主的一类病症。其成因包括免疫功能低下、皮肤出现创伤、过度劳累、发热、应激等情况。主要症状表现为单发或群集分布的水疱、脓疱，还可能伴有发热、疼痛、局部淋巴结肿大等。如果肛门出现起泡、疼痛，就有可能是疱疹引起的。针对疱疹，患者可使用阿昔洛韦、伐昔洛韦、加巴喷丁、普瑞巴林等药物进行医治。
二、肛周脓肿：指的是肛管直肠周围软组织或周围间隙发生急性化脓性感染，脓性渗出物聚集而形成脓肿，通常是肛腺阻塞感染导致。肛周脓肿的感染多数源自肛隐窝感染，肛隐窝感染沿肛腺以及淋巴引流方向扩散至肛管直肠周围间隙从而形成脓肿。少数肛周脓肿继发于外伤、克罗恩病、结核病、艾滋病等病症，主要症状为肛门周围持续疼痛和肿胀，有时会起泡。所以肛门起泡、疼痛，也可能是由肛周脓肿造成的。对此，患者可运用青霉素、阿莫西林、红霉素等药物进行治疗，也可外用萘替芬酮康唑乳膏、咪康唑乳膏等药物涂擦。
三、血栓性外痔：属于外痔的一种，一般表现为肛门部肿物，在急性期往往较为疼痛，可以是血栓致使静脉中血液淤积形成肿块，也可以是静脉破裂后血液渗到皮下凝结成血栓而形成的肿块。血栓性外痔常呈现为突发肛门部皮下暗紫色圆形、椭圆形肿块，主要症状为剧烈疼痛、异物感明显等。故而肛门起泡、疼痛，或许是由血栓性外痔引起的。患者可采用阿莫西林、复方硝苯地平软膏、对乙酰氨基酚等药物进行治疗，还可选用血栓性外痔剥离摘除术、血栓性外痔改良切除术等手术方式进行处理。
总之，当肛门出现起泡和疼痛症状时，可能是多种疾病引起的，应及时就医进行准确诊断和针对性治疗。