肛门有水泡可能由皮肤过敏、单纯疱疹、肛周脓肿等因素导致，需到医院详细检查并针对病因治疗，不可盲目自行处理。具体如下：
一、皮肤过敏：若本身是过敏体质，接触过敏原后，局部会发生变态反应，出现毛细血管扩张，血浆向皮肤下渗透就会形成水泡。治疗上通常可服用抗过敏药物，如盐酸西替利嗪片、氯雷他定片等。
1.盐酸西替利嗪片：可缓解过敏引起的相关症状。
2.氯雷他定片：能有效减轻过敏反应。
二、单纯疱疹：一般因肛门处感染单纯性疱疹病毒导致，主要由病毒感染引起，会使肛门出现水泡。通常可在医生指导下服用抗病毒药物，如阿昔洛韦、泛昔洛韦等。
1.阿昔洛韦：对单纯疱疹病毒有抑制作用。
2.泛昔洛韦：可用于治疗单纯疱疹。
三、肛周脓肿：会导致局部皮肤有较深水泡，还可能出现脓肿面积扩大或溃疡等情况。若自身症状较严重，需采取切开引流手术治疗。
总之，当发现肛门有水泡时，要及时就医明确原因，并根据具体情况进行针对性治疗，以促进康复。