如果女性在流产第三天出现肚子疼得厉害的情况，可能是以下原因导致的：
1.子宫收缩：流产后，子宫需要通过收缩来排出剩余的组织和血液，这可能会引起肚子疼。这种疼痛通常是阵发性的，并且会逐渐减轻。如果疼痛持续时间较长或疼痛程度加重，可能需要就医。
2.宫腔残留：如果流产不完全，宫腔内有残留的组织，可能会导致肚子疼。此外，还可能伴有阴道流血、发热等症状。如果怀疑宫腔残留，需要进行B超检查，如有必要，可能需要进行清宫手术。
3.感染：流产后，如果不注意个人卫生或发生了感染，可能会导致子宫内膜炎、盆腔炎等疾病，从而引起肚子疼。此外，还可能伴有发热、白带异常等症状。如果怀疑感染，需要进行血常规、白带常规等检查，如有必要，需要使用抗生素进行治疗。
4.其他：流产后，女性的身体需要一段时间来恢复，如果过度劳累、情绪紧张等，可能会影响身体的恢复，导致肚子疼。此外，还可能与流产后使用的药物、个人体质等有关。
针对这种情况，女性可以采取以下措施：
1.注意休息：流产后需要休息一段时间，避免过度劳累。
2.注意保暖：流产后身体比较虚弱，需要注意保暖，避免着凉。
3.注意个人卫生：保持外阴清洁，勤换卫生巾。
4.饮食调理：流产后需要注意饮食调理，多吃一些富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，避免辛辣、刺激性食物。
5.观察症状：如果肚子疼得厉害，或者伴有其他症状，如发热、阴道流血等，需要及时就医。
总之，如果女性在流产第三天出现肚子疼得厉害的情况，需要引起重视，及时就医，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。