脚上大拇指有灰指甲，且有点疼，可能是灰指甲合并了细菌感染，也可能是其他原因引起。以下是一些可能的原因和建议：
1.灰指甲合并细菌感染：灰指甲是由真菌感染引起的，当指甲受到损伤或免疫力下降时，细菌可能会趁机感染，导致甲沟发炎，出现红肿、疼痛等症状。
治疗方法：
局部治疗：可以使用外用药物，如碘酊、阿莫罗芬搽剂等，涂抹在指甲上，有助于抑制真菌和细菌的生长。如果甲沟处有脓液积聚，可以用消毒的针挑破，将脓液挤出，但要注意避免感染扩散。
口服药物：如果局部治疗效果不佳，或者感染较为严重，医生可能会建议口服抗生素或抗真菌药物，如头孢呋辛酯、伊曲康唑等。这些药物需要在医生的指导下使用，可能会有一些副作用，如胃肠道不适、肝功能异常等。
手术治疗：如果指甲已经严重变形，或者保守治疗无效，可以考虑手术切除部分指甲。
2.其他原因：除了灰指甲合并细菌感染外，其他原因也可能导致脚上大拇指疼痛，如：
外伤：脚趾受到挤压、碰撞等外伤，可能会导致指甲下淤血、疼痛。
痛风：痛风是一种代谢性疾病，血尿酸水平升高可导致尿酸盐结晶沉积在关节处，引起炎症反应，脚趾关节是常见的受累部位之一。
类风湿关节炎：类风湿关节炎可侵犯全身多个关节，包括脚趾关节，导致疼痛、肿胀、畸形等。
如果脚上大拇指的疼痛持续不缓解，或者伴有其他症状，如发热、红肿、化脓等，建议及时就医，明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持脚部清洁干燥，避免穿太紧的鞋子，避免长时间行走和站立。