新生儿先天性甲状腺功能低下主要通过终身服用左甲状腺素钠进行替代治疗，需尽早开始，以保证患儿正常生长发育和神经系统发育。
一、治疗起始时间
一旦确诊应立即开始治疗，出生后2-4周内开始治疗，可使患儿神经系统发育损伤降到最低。
二、药物选择
首选左甲状腺素钠，该药能补充甲状腺激素，维持正常甲状腺功能状态。
三、治疗监测
需定期监测血清甲状腺素（T4）、促甲状腺激素（TSH）水平，根据监测结果调整药物剂量，以维持甲状腺功能在正常范围。
四、特殊人群注意事项
对于新生儿，要严格按照医嘱用药，密切观察用药后的反应，如生长发育情况、精神状态等，因为药物剂量不合适可能影响其正常生长发育，尤其是神经系统发育，要定期带患儿到医院进行相关指标检测和生长发育评估。