阴茎表皮层下有两个小疙瘩，不疼不痒，可能是正常的生理结构，也可能是疾病的表现。以下是一些可能的原因和建议：
1.阴茎珍珠状丘疹：这是一种常见的良性病变，表现为阴茎冠状沟边缘出现的珍珠状、半透明丘疹，无自觉症状。可能与包皮过长、局部刺激等有关。一般不需要治疗，如果觉得影响美观，可以通过激光、冷冻等方法去除。
2.皮脂腺异位症：皮脂腺异位症是由于皮脂腺发育的生理性变型和皮脂腺增生所致。好发于口腔黏膜、阴茎龟头，为针头大小、群集分布的淡黄色或淡白色丘疹，无自觉症状。一般不需要治疗，如果觉得影响美观，可以通过激光、冷冻等方法去除。
3.传染性软疣：这是由传染性软疣病毒感染引起的传染性皮肤病，表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出乳酪样软疣小体。可通过直接接触或间接接触传播。治疗方法主要是刮除，然后涂以2%碘酊或3%酞丁安霜。
4.尖锐湿疣：这是一种由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病，主要通过性接触传播。初起为淡红色丘疹，逐渐增大增多，融合成乳头状、菜花状或鸡冠状增生物，根部可有蒂，表面湿润，可有瘙痒、灼痛、恶臭。治疗方法包括物理治疗、药物治疗、免疫疗法等。
5.阴茎硬结症：这是一种发生在阴茎海绵体两层筋膜之间的一种结缔组织增生性疾病，多见于中年人。表现为阴茎在松驰状态一般无症状，但小结会不断长大，很少有疼痛。可以通过手术、放疗、局部注射药物等方法治疗。
6.其他：还有一些其他原因也可能导致阴茎表皮层下出现小疙瘩，如阴茎肿瘤、梅毒等。
总之，如果发现阴茎表皮层下有小疙瘩，最好及时就医，由医生根据具体情况进行诊断和治疗。同时，要注意保持阴茎清洁卫生，避免搔抓、摩擦等刺激，避免不洁性生活。