阴茎表皮下有两个小疙瘩，不疼不痒，可能是正常的生理结构，也可能是疾病的表现。以下是一些可能的原因和建议：
1.阴茎珍珠状丘疹：这是一种常见的良性病变，表现为阴茎冠状沟边缘的珍珠状、半透明丘疹，通常不疼不痒，可持续存在多年。这种情况不需要特殊处理，也不会传染。
2.皮脂腺异位症：皮脂腺异位症是由于皮脂腺发育的生理性变型和皮脂腺增生所致。一般不需要治疗，如果患者坚持要去除，可以使用激光、电凝等方法进行治疗。
3.传染性软疣：这是由传染性软疣病毒感染引起的传染性皮肤病。可通过直接接触或间接接触传播。治疗方法主要是刮除，以将软疣小体完全挤出为准，然后外用碘酊等以防细菌感染。
4.尖锐湿疣：这是一种由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。主要表现为外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区出现丘疹、乳头状、菜花状或鸡冠状肉质赘生物，可伴有瘙痒、疼痛、出血等症状。治疗方法包括物理治疗、药物治疗和免疫疗法等。
5.其他：阴茎表皮下的小疙瘩还可能是脂肪瘤、平滑肌瘤、表皮样囊肿等疾病。
总之，如果发现阴茎表皮下有小疙瘩，建议及时就医，由医生进行详细的检查和诊断，并根据具体情况给予相应的治疗建议。同时，要注意保持局部清洁卫生，避免搔抓和刺激，避免不洁性生活，以防病情加重或传染他人。