双侧膝关节疼痛的主要原因有以下几点：
1.外伤：膝关节是人体较为复杂的关节，受到直接或间接暴力时，容易发生半月板、韧带等结构损伤，从而出现疼痛、肿胀、活动受限等症状。
2.炎症：膝关节周围的组织如滑膜、滑囊、半月板等发生炎症，可导致膝关节疼痛。常见的炎症有滑膜炎、滑囊炎、半月板损伤等。
3.代谢性疾病：如痛风、假性痛风等，可侵犯膝关节，导致疼痛。
4.自身免疫性疾病：如类风湿关节炎、强直性脊柱炎等，可累及膝关节，引起疼痛、肿胀、畸形等症状。
5.感染：膝关节感染如化脓性关节炎、结核性关节炎等，可导致膝关节疼痛、红肿、发热等症状。
6.退行性病变：随着年龄的增长，膝关节会发生退行性改变，如骨关节炎、软骨磨损等，从而引起膝关节疼痛。
7.其他：如肿瘤、内分泌失调、神经病变等，也可导致膝关节疼痛。
如果出现双侧膝关节疼痛，建议及时就医，进行详细的检查，如X线、CT、磁共振成像（MRI）等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，患者应注意休息，避免膝关节过度负重和劳累，注意保暖，避免寒冷刺激。