2岁宝宝阴茎短小的原因主要有以下几点：
1.遗传因素：阴茎的大小与遗传因素有关，如果家族中有人阴茎短小，那么宝宝也可能会受到影响。
2.发育问题：在胎儿时期，阴茎的发育受到多种因素的影响，如果发育过程中出现问题，可能会导致阴茎短小。
3.激素水平异常：宝宝体内的激素水平对阴茎的发育起着重要作用，如果激素水平异常，可能会导致阴茎短小。
4.其他疾病：一些疾病也可能影响宝宝阴茎的发育，如先天性肾上腺皮质增生症等。
需要注意的是，2岁宝宝的阴茎还在发育过程中，不能仅凭外观判断阴茎是否短小。如果家长对宝宝的阴茎发育有疑虑，建议及时咨询医生，进行详细的检查和评估。医生会根据具体情况给出专业的建议和治疗方案。