肛窦炎的原因主要有以下几点：
1.肛窦开口向上，易积存粪便引起感染，且损伤后不易愈合，引发肛窦炎。
2.感染：常因肛裂、痔疮、肛瘘、肛门直肠药物注射等引起肛门直肠周围脓肿破溃或切开引流术后引起肛窦炎。
3.其他：一些肠道疾病，如腹泻、便秘等，也可能导致肛窦炎的发生。
4.局部刺激：肛门部受冷、受热，便秘、腹泻、过量饮酒和多吃辛辣食物，都可刺激肛门和直肠，使痔静脉丛充血，影响静脉血液回流，以致静脉壁抵抗力下降。
5.肛门损伤：来自消化道的硬性大便或其他异物容易引起肛管皮肤的损伤，这是导致肛窦炎的主要原因之一。