早上醒来后腰两侧酸疼，可能与以下原因有关：
1.床垫不合适：床垫过软或过硬，都可能导致腰部支撑不足，引起腰部肌肉疲劳和酸疼。建议选择硬度适中、贴合人体曲线的床垫。
2.腰部肌肉劳损：长时间保持同一姿势、过度劳累或运动不当，都可能导致腰部肌肉劳损，引起酸疼。可以通过热敷、按摩、适当运动等方式缓解。
3.泌尿系统感染：如肾炎、肾盂肾炎等，也可能导致腰部酸疼。同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。需要及时就医，进行相关检查和治疗。
4.妇科疾病：女性盆腔炎、宫颈炎等妇科疾病，也可能引起腰部酸疼。此外，还可能伴有白带异常、下腹坠胀等症状。建议及时就医，进行妇科检查和治疗。
5.腰椎间盘突出：腰椎间盘突出症是导致腰背部疼痛的常见原因之一。疼痛可能会放射到腿部，还可能伴有麻木、无力等症状。需要及时就医，进行腰椎CT或MRI检查，明确诊断后进行治疗。
如果酸疼症状持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，日常生活中要注意保持良好的姿势，避免长时间弯腰、久坐或重体力劳动。床垫不要太软或太硬，要适中。注意腰部保暖，避免着凉。如果是由于运动或劳累引起的酸疼，可以通过休息、热敷、按摩等方式缓解。如果是由于疾病引起的酸疼，需要根据具体病情进行治疗。