女性早上醒来腰两侧疼的原因及解决办法主要有以下几点：
1.腰肌劳损：如果女性长期从事重体力劳动或长期保持同一姿势，可能会导致腰肌劳损，从而出现腰两侧疼的症状。这种情况下，女性可以通过按摩、热敷等方式缓解疼痛，同时注意休息，避免过度劳累。
2.泌尿系统感染：女性的泌尿系统比较短且直，容易发生感染。如果女性患有尿道炎、膀胱炎等疾病，炎症可能会刺激腰部的神经，导致腰两侧疼。此外，还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。针对这种情况，需要及时就医，在医生的指导下使用抗生素进行治疗。
3.妇科疾病：女性的生殖系统与腰部相邻，如果患有盆腔炎、宫颈炎等疾病，炎症可能会刺激腰部的神经，导致腰两侧疼。此外，还可能伴有白带异常、下腹坠胀等症状。针对这种情况，需要及时就医，在医生的指导下进行治疗。
4.腰椎间盘突出：随着年龄的增长，女性的腰椎间盘可能会发生退行性改变，从而容易出现腰椎间盘突出的情况。如果突出的椎间盘压迫到腰部的神经，可能会导致腰两侧疼，同时还可能伴有下肢麻木、无力等症状。针对这种情况，需要及时就医，在医生的指导下进行治疗。
5.其他：女性在月经期间、怀孕期间也可能会出现腰两侧疼的症状，这是正常的生理现象，一般不需要特殊治疗。
总之，如果女性早上醒来腰两侧疼的症状持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医，明确病因后进行针对性治疗。