月经过后三天同房是否会怀孕，主要与女性的月经周期和排卵时间有关。一般来说，怀孕的可能性较小，但不能完全排除。
女性的排卵时间通常在下次月经来潮前14天左右，排卵日及其前5天和后4天共10天称为排卵期。在排卵期同房，受孕的几率较高。如果女性的月经周期规律，月经持续时间为3-7天，月经干净后三天可能还处于安全期，同房怀孕的几率较小。但如果女性的月经周期较短，月经持续时间较长，或者存在额外排卵的情况，那么月经干净后三天同房也可能会怀孕。
此外，精子在女性体内可存活2-3天，因此即使在安全期，精子也可能会等待卵子排出，从而导致怀孕。
需要注意的是，安全期避孕法并不可靠，因为女性的排卵时间可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而发生改变。如果没有怀孕的计划，建议在同房时采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药、放置宫内节育器等。
总之，月经过后三天同房是否会怀孕，因人而异。如果担心怀孕，建议在同房后72小时内服用紧急避孕药，但紧急避孕药不能作为常规的避孕方法，频繁使用可能会导致月经失调等问题。如果出现月经推迟等情况，应及时进行验孕检查，以确定是否怀孕。