月经过后三天同房是否会怀孕，取决于女性的月经周期和排卵时间。一般来说，月经周期规律的女性，排卵通常发生在下次月经来潮前14天左右，排卵日及其前5天和后4天加在一起称为排卵期。月经刚结束时，通常还处于安全期，怀孕的几率较低。但如果女性的月经周期较短，或者存在额外排卵的情况，月经过后三天也可能已经排卵，此时同房就有可能怀孕。
因此，月经过后三天同房是否会怀孕，不能一概而论。如果没有怀孕计划，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等，以避免意外怀孕。同时，也要注意性生活卫生，预防感染。如果出现月经推迟等情况，应及时进行验孕检查，以确定是否怀孕。