怀孕43天B超看不见孕囊，可能是以下原因导致的。
1.受孕时间较短：孕囊一般在怀孕35天左右时可见，怀孕43天时孕囊可能还未到达子宫，或者孕囊较小，B超无法检测到。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，孕囊无法在子宫内正常发育，B超也无法看到孕囊。
3.胚胎发育不良：如果孕囊的发育比实际孕周小，或者存在胎停育等情况，也可能导致B超看不见孕囊。
4.其他因素：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫疾病，或者内分泌失调、服用某些药物等，也可能影响孕囊的发育和着床，导致B超看不见孕囊。
需要注意的是，B超看不见孕囊并不一定意味着一定存在问题，也可能是正常的。医生会根据具体情况进行综合判断，并采取相应的措施。如果没有腹痛、阴道流血等异常情况，可以在一周后复查B超，以确定孕囊的位置和发育情况。如果出现异常情况，应及时就医，进行进一步的检查和治疗。