小产后第三天肚子疼可能是以下原因引起：
1.子宫收缩：小产后，子宫需要通过收缩来恢复到正常大小，这个过程中可能会引起肚子疼。这种疼痛通常是阵发性的，且逐渐减轻。
2.宫腔残留：如果小产时宫腔内有残留的组织，可能会导致子宫收缩不良，引起肚子疼。此外，还可能伴有阴道出血、发热等症状。
3.感染：小产后如果不注意个人卫生，容易引起宫腔感染，导致肚子疼、发热、阴道分泌物异常等症状。
4.其他：小产后第三天肚子疼还可能与其他因素有关，如肠痉挛、腹部受凉等。
需要注意的是，如果肚子疼持续时间较长、疼痛剧烈或伴有其他异常症状，应及时就医，以便明确原因并进行相应的治疗。此外，小产后应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，一个月内禁止性生活和盆浴。同时，应注意观察阴道出血情况，如有异常应及时就医。