小便的时候肚子疼，可能与以下原因有关：
1.膀胱炎：膀胱位于小腹，炎症刺激可导致小腹疼痛，伴有尿频、尿急、尿痛等症状。膀胱炎多由细菌感染引起，可在医生指导下使用抗生素治疗，如头孢呋辛酯、左氧氟沙星等。此外，还需注意多饮水，勤排尿，有助于病情恢复。
2.尿道炎：除小腹疼痛外，还可出现尿道口红肿、尿频、尿急、尿痛等症状。治疗尿道炎的药物有头孢克洛、阿奇霉素等。治疗期间应避免性生活，同时注意个人卫生，勤换内裤。
3.前列腺炎：男性患者如有前列腺炎，炎症刺激也可导致小腹痛，并伴有尿频、尿急、尿痛、尿不尽、阴囊潮湿等症状。前列腺炎的治疗方法包括药物治疗（如前列舒通胶囊、盐酸坦索罗辛缓释胶囊）、物理治疗（如微波、射频、激光等）和手术治疗（如前列腺电切术）等。具体治疗方法需根据病情而定。
4.输尿管结石：结石可导致输尿管梗阻，引起肾绞痛，疼痛可向小腹及会阴部放射，伴有血尿、恶心、呕吐等症状。较小的结石可通过多饮水、多运动自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术取石。
5.其他：女性患者还需考虑盆腔炎、附件炎、子宫内膜异位症等疾病，男性患者则需排除精索静脉曲张、疝气等疾病。
总之，小便时肚子疼可能是多种疾病的表现，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，在治疗期间应注意休息，避免过度劳累，多饮水，勤排尿，保持会阴部清洁。