小便时小肚子疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，炎症刺激可导致小便时肚子疼。还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。可遵医嘱使用抗生素进行治疗，如左氧氟沙星、阿莫西林等。
2.膀胱炎：除了小便时肚子疼，还可能出现尿急、尿频、尿痛等症状。治疗膀胱炎通常需要使用抗生素，如头孢呋辛酯、阿莫西林等。
3.前列腺炎：男性患者可能会因为前列腺炎导致小便时小肚子疼。还可能伴有尿频、尿急、尿不尽、会阴部坠胀等症状。治疗前列腺炎的方法包括药物治疗（如前列康舒胶囊、前列安栓等）、物理治疗（如微波、射频等）和手术治疗（如前列腺电切术等）。
4.膀胱结石：较小的结石可随尿液排出，在排出过程中可能会刺激膀胱黏膜，引起小肚子疼痛。还可能伴有血尿、排尿困难等症状。较小的结石可通过多喝水、多运动自行排出；较大的结石则需要进行手术治疗，如体外冲击波碎石术、经尿道膀胱结石碎石取石术等。
5.其他：女性患者还可能因为盆腔炎、宫颈炎、子宫肌瘤等妇科疾病导致小便时小肚子疼。此外，肠道疾病、泌尿系统结石等也可能引起类似症状。
如果出现小便时小肚子疼的症状，建议及时就医，明确原因后进行针对性治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，保持尿道口清洁。在治疗期间，应避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重病情。