导致婴儿阴茎短小的原因主要有以下几点：
1.遗传因素：阴茎的大小与遗传因素密切相关。如果家族中有阴茎短小的成员，那么婴儿出现阴茎短小的概率可能会增加。
2.激素水平：在胎儿期和婴儿期，睾酮是影响阴茎发育的重要激素。如果睾酮水平不足或分泌异常，可能会导致阴茎发育不良，出现阴茎短小的情况。
3.发育异常：一些先天性疾病或发育异常也可能导致阴茎短小，如尿道下裂、隐匿性阴茎等。这些情况会影响阴茎的正常发育，导致阴茎短小。
4.其他因素：在母亲怀孕期间，一些不良因素也可能影响胎儿的阴茎发育，如营养不良、药物暴露、宫内环境不良等。
需要注意的是，对于婴儿阴茎短小的情况，需要及时就医，进行全面的评估和检查。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。在大多数情况下，随着婴儿的生长发育，阴茎会逐渐发育正常。如果存在其他疾病或异常，需要及时治疗，以确保婴儿的健康。同时，家长也应该关注婴儿的生长发育情况，如有异常及时就医。