院内感染主要的致病菌包括细菌、真菌和病毒等，治疗方法因病原体而异，主要包括以下几类：
1.抗生素治疗：对于细菌感染，抗生素是常用的治疗药物。医生会根据药敏试验结果选择敏感的抗生素进行治疗。在使用抗生素时，需要遵循医嘱，按时服药，避免自行停药或增减剂量，以防止耐药菌的产生。
2.抗病毒治疗：对于病毒感染，目前尚无特效的抗病毒药物。治疗主要针对症状进行缓解，如发热时使用退烧药、咳嗽时使用止咳药等。同时，患者需要注意休息，保持营养均衡，提高免疫力。
3.抗真菌治疗：对于真菌感染，抗真菌药物是主要的治疗方法。医生会根据感染的部位和严重程度选择合适的抗真菌药物进行治疗。在使用抗真菌药物时，需要注意药物的副作用和禁忌症，并按照医嘱使用。
4.对症治疗：除了针对病原体的治疗外，对于院内感染患者，还需要进行对症治疗。例如，对于高热患者进行降温处理，对于呼吸困难的患者进行氧疗等。
5.免疫治疗：对于免疫功能低下的患者，免疫治疗也是一种重要的治疗方法。例如，使用免疫球蛋白增强免疫力，或进行造血干细胞移植等。
6.防控措施：除了治疗外，预防院内感染的发生也非常重要。医疗机构需要采取严格的感染防控措施，如加强手卫生、严格消毒隔离、规范操作流程等，以减少病原体的传播。
总之，院内感染的治疗需要根据具体情况进行个体化的治疗方案制定，同时，预防感染的发生也是至关重要的。患者和家属应该积极配合医生的治疗，同时注意个人卫生和防护，以促进早日康复。