造成婴儿阴茎短小的原因有很多，以下是一些可能的原因：
1.遗传因素：阴茎的大小和形状可能受到遗传因素的影响。如果家族中有阴茎短小的情况，那么婴儿也可能出现这种情况。
2.激素水平异常：在胎儿期和婴儿期，睾丸会分泌睾酮等激素，这些激素对于阴茎的发育非常重要。如果激素水平异常，可能会导致阴茎发育不良。
3.其他健康问题：某些健康问题也可能影响阴茎的发育，例如先天性肾上腺增生症、特纳综合征等疾病。
4.环境因素：一些环境因素也可能对阴茎发育产生影响，例如怀孕期间的药物暴露、吸烟、饮酒等。
需要注意的是，大多数情况下，婴儿的阴茎大小是正常的，而且会在青春期后逐渐发育成熟。如果家长对婴儿的阴茎大小感到担忧，建议咨询医生进行评估。医生会根据具体情况进行检查和诊断，并提供相应的建议和治疗方案。