月经干净第三天是否可以同房，取决于女性的身体状况。一般来说，月经干净第三天可以同房，但需要注意以下几点。
1.月经干净后，女性的子宫颈口尚未完全关闭，子宫内膜也需要一定的时间修复。如果在月经干净第三天就同房，可能会导致细菌感染，引起宫颈炎、子宫内膜炎等妇科疾病。
2.部分女性在月经期间可能会出现情绪波动、乳房胀痛、下腹坠胀等不适症状，这些症状可能会在月经干净后持续一段时间。如果在身体不适的情况下同房，可能会加重不适症状。
3.如果女性的月经周期不规律，月经量过多或过少，或者存在其他妇科疾病，如子宫肌瘤、子宫内膜异位症等，也不建议在月经干净第三天同房。
因此，建议女性在月经干净后，等待身体完全恢复，再进行同房。同时，也要注意个人卫生，同房前后要清洗外阴，避免细菌感染。如果在同房后出现不适症状，应及时就医。