月经干净第三天同房是否会怀孕，主要涉及到女性的生理周期和怀孕的可能性，具体分析如下：
1.一般不会怀孕：月经周期规律的女性，排卵通常发生在下次月经来潮前14天左右，排卵前后4-5天为易孕期，其他时间则为安全期。月经干净第三天通常属于安全期，此时同房怀孕的几率较低。
2.仍有怀孕的可能：安全期并非绝对安全，因为女性的排卵可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而提前或推迟。此外，精子在女性体内可能存活3-5天，因此安全期同房也不能完全排除怀孕的可能。
3.其他影响因素：除了生理周期外，还有其他因素也可能影响怀孕的概率，如精子质量、输卵管通畅性、子宫内膜容受性等。如果夫妻双方有怀孕的计划，建议在备孕期间保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、减少压力等，并在合适的时间进行性行为。如果对怀孕问题有疑虑或担忧，建议咨询医生或生殖专家，进行详细的咨询和检查。
需要注意的是，每个人的生理周期和排卵情况都可能有所不同，因此安全期避孕法并不能保证100%的避孕效果。对于那些不希望怀孕的女性，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药、宫内节育器等。此外，如果出现月经异常、周期不规律或其他生殖系统问题，应及时就医进行诊断和治疗。