月经完了但肚子仍然疼痛，可能是以下原因引起：
1.排卵性腹痛：月经干净后1-2周，下腹疼痛，有时还伴有肛门坠胀感，这是由于卵泡破裂，卵子排出，卵泡液对腹膜的刺激导致的，通常持续1-2天可自行缓解，这是正常的生理现象，一般不需要治疗。
2.妇科炎症：如盆腔炎、子宫内膜炎、宫颈炎等，可能导致月经干净后腹痛。可能还伴有白带异常、阴道出血、性交痛等症状。需要进行妇科检查、白带常规、B超等检查，以明确诊断，并根据病因进行治疗。常用药物有甲硝唑、妇炎康片等。
3.子宫内膜异位症：如果有子宫内膜异位症，异位的子宫内膜在月经结束后，可能会引起腹痛。疼痛可能逐渐加重，还可能伴有性交痛、月经异常等症状。需要进行腹腔镜检查、CA125测定等，以明确诊断，并进行针对性治疗。治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。
4.其他：子宫肌瘤、子宫腺肌症、卵巢肿瘤等也可能导致月经干净后腹痛。此外，肠道疾病、泌尿系统疾病等也可能引起类似症状。
如果月经完了肚子仍然疼痛，建议及时就医，进行详细的检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，避免感染。